利用方法説明
TFSEARCH: DNAへの転写因子の結合部位予測

メソッド :

与えられたDNA上を走査し、結合部位プロファイル行列との相関度の高い領域を 報告する。 このTFSEARCHプログラムは、1995年に秋山 泰（当時 京都大学、現在 新情報処理開発機構）によって開発された。 結合部位プロファイル行列として、TFMATRIXデータベースを利用している。 TFMATRIXは、ドイツのGBF-Braunschweig研究所で開発されたTRANSFACデータベース 群に収容されているデータベースの一つである。

文献:

T. Heinemeyer, E. Wingender, I. Reuter, H. Hermjakob, A. Kel, O. Kel, E. Ignatieva, E. Ananko, O. Podkolodnaya, F. Kolpakov, N. Podkolodny, and N. Kolchanov: "Databases on Transcriptional Regulation: TRANSFAC, TRRD, and COMPEL", Nucleic Acids Res. vol.26, pp.364-370 (1998).

Yutaka Akiyama: "TFSEARCH: Searching Transcription Factor Binding Sites", http://www.rwcp.or.jp/lab/pdappl/papia.html

使用方法 :

1. 入力配列に対する任意のラベルをはじめの窓に入力する。 (省略可)
2. DNA配列をカットアンドペーストにより次の窓に入力。(必須)
3. '分類' を選び、適用するマトリクスの限定を行なう。
4. スコアの'しきい値'を選ぶ。(省略可).
   この値より小さなスコアは報告されない。
   省略時の値は 85.0ポイント。
5. 入力フォームを初期化したい時だけ'Clear'を押す。
6. 検索をサーバに送りたい時は'Exec'ボタンを押す。

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