利用方法説明
PAPIA システム

Protein Structure Similarity Search
タンパク質部分構造検索

• search for given 3-D coordinates
  ３次元座標で指定
• search for a protein fragment in PDB-REPRDB
  PDB-REPRDBのタンパク質フラグメントで指定
• protein sequence homology search
  アミノ酸配列の相同性による構造検索
• amino acid sequence exact match
  アミノ酸配列完全一致

Protein Sequence Homology Search
タンパク質配列相同性検索

• using score matrix
  類似度評価行列による検索
• using exact match rate
  残基一致率による検索

Protein Sequence Multiple Alignment
タンパク質配列マルチプルアライメント

Protein Secondary Structure Prediction
タンパク質二次構造予測

• prediction from the sequence
  配列から予測
• compare prediction result with the crystal structure
  PDBで予測結果と比較

TFSEARCH : DNA Transcription Factor Binding Site Prediction
DNAへの転写因子の結合部位予測

PDB-REPRDB : Representaitve protein chains from PDB
PDB代表タンパク質チェインDB

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