• トップ
  • ＞
  • 成果・実績
  • ＞
  • 論文（口頭発表：2008年）

論　文（口頭発表：2008年）

  • Horton Paul; "DisLex: a Transformation for Discontiguous Suffix Array Construction", KLLBI-08 Knowledge, Language and Learning in Bioinformatics, Hanoi, Vietnam, 16th Dec. 2008.
  • Nowozin, S., Tsuda, K.; "Frequent Subgraph Retrieval in Geometric Graph Databases", IEEE International Conference on Data Mining, Pisa, Italy, 15th Dec. 2008.
  • Saigo, H., Tsuda, K.; "Iterative Subgraph Mining for Principal Component Analysis", IEEE International Conference on Data Mining (ICDM 2008), Pisa, Italy, 15th Dec. 2008.
  • Sato, K., Hamada, M., Mituyama, T., Asai, K., Sakakibara, Y.; "A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures", The 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics, Osaka, 15th Dec. 2008.
  • Wijaya Edward; "Modeling Marginal Distribution of Gene Expression with Mixture Models", Bio-science and Biotechnology, Sanya - China, 13th Dec. 2008.
  • Horton Paul; "A Tiling Bound for Pairwise Global Sequence Alignment", Bioscience and BioTechnology (BSBT2008), China, Hainan, 13th Dec. 2008.
  • 長野 希美; "酵素触媒機構データベースの開発", 第14回創薬を目指した生理活性物質研究会, 星薬科大学, 2008年12月13日.
  • 堀本 勝久; "２つアプローチによる時間発展するネットワーク構造変化解析", BMB2008, 神戸, 2008年12月12日.
  • Imai, K., Gromiha, M.M., Horton, P. ; "Refinement of beta-signal by the analysis of evolutionary conservation and exploration of novel mitochondrial beta-barrel outer membrane proteins", BMB2008, 神戸, 2008年12月12日.
  • 光山 統泰; "新規RNA遺伝子発見を支援する機能性RNAデータベース", 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会, 神戸, 2008年12月10日.
  • Hirose, S., Shimizu, K., Inoue, N., Kanai, S. and Noguchi, T.; "Disordered region prediction by integrating POODLE series", Eighth Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, island of Sardinia, Italy, 6th Dec. 2008.
  • 諏訪 牧子; "ゲノム解析から探るGPCR多様化のメカニズム", 第46回日本生物物理学会年会, 福岡, 2008年12月4日.
  • Horton Paul Mitochondrial β-Barrel Proteins, an Exclusive Club? Bioinformatics seminar Brisbane, Australia, 2008年12月4日.
  • 広川 貴次; "Prediction of the structure and function of GPCRs using molecular modeling techniques", 第46回日本生物物理学会年会, 福岡, 2008年12月4日.
  • 堀本 勝久; "進展型疾患のネットワークモデル", 医療と情報技術の連携イノベーションフォーラム, 東京, 2008年12月2日.
  • Martin Frith; "Large-scale sequence comparison: Spaced seeds and suffix arrays", 講演会, Kyoto University, 2008年11月27日.
  • Shimizu, K.; "Developing a database of protein disorder 〜 For functional analysis of protein disorder 〜 ", Indo-Japan Symposium on Glycoscience, Cell Engineering and Bioinformatics Hyderabad, India, 25th Nov. 2008.
  • Fukui, K.; "Activity on Computational Biology at CBRC, AIST", Indo-Japan symposium on Glycoscience, Cell engineering and Bioinformatics, Hyderabad, India, 25th Nov. 2008.
  • Gromiha. MM.; "Discrimination algorithms and database for membrane protein functions", Indo-Japan symposium on Glycoscience, Cell engineering and Bioinformatics, Hyderabad, India, 25th Nov. 2008.
  • Martin Frith; "Genome alignment and tag mapping made easy", JST-BIRD meeting, Kyoto, 25th Nov. 2008.
  • Nemoto, W., Tou, H.; "Membrane Interactive α-helices in GPCRs as a Novel Drug Target", International Symposium on Glycoscience, CellEngineering & Bioinformatics during the 2nd DBT-AIST, Japan Bilateral Workshop, Hyderabad, India, 5th Nov. 2008.
  • Paul Horton; "Sequence Analysis of Mitochondrial β-barrel Outer Membrane Proteins", Annual meeting of CBRC2008, Tokyo, 7th Nov. 2008.
  • 本野 千恵; "タンパク質立体構造予測モデルの評価", Annual meeting of CBRC2008, Tokyo, 7th Nov. 2008.
  • 長野 希美; "電子伝達蛋白質の立体構造・配列に基づく系統的な解析・分類", 2008年度生命情報工学研究センター研究報告シンポジウム, 東京, 2008年11月7日.
  • Martin Frith; "Making genome-scale sequence comparison easy", CBRC2008, Tokyo, 7th Nov. 2008.
  • Wataru Nemoto; "Analyses of network data in different biological hierarchies", The 1st Japan-India Bilateral Symposium on Bioinformatics, Tokyo, Japan, 6th Nov. 2008.
  • 千葉 啓和, 中川 草, 谷口 丈晃, 藤渕 航; "Designing Pyro-primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs", Annual meeting of CBRC2008, Tokyo, 6th Nov. 2008.
  • Fukui, K.; "Research on the Recognition Mechanism for Biomolecular Complexes using Grid computing", Japan-India Bilateral Symposium (JIBS), Tokyo, 2008年11月6日.
  • Gromiha. MM.; "Understanding the recognition mechanism of protein-protein complexes: energy based approach", The first Japan-India bilateral symposium on bioinformatics, Tokyo, 6th Nov. 2008.
  • Nakatsui, M., Yoshida, H., Horimoto, K.; "An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Network Motifs in Escherichia coli.", The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB’08), Lijiang, China, 1st Nov. 2008.
  • Tominaga, D., Tokumoto, Y., Nakatsui, M., Sun, F., Miyake, J., Horimoto, K.; "Analysis of network dynamics including hidden variables by symbolic-numeric approach.". The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB’08), Lijiang, China, 1st Nov. 2008.
  • Morioka, R., Arita, M., Sakamoto, K., Kawaguchi, S., Tei, H., Horimoto, K.; "Phase Shifts of Circadian Transcripts in Rat Suprachiasmatic Nucleus.", The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB’08), Lijiang, China, 1st Nov. 2008.
  • Zi-Kai, Wu., Zhi-Yong Zhang, Lv-Wen Zhang, Horimoto, k.; "Revealing Disease Related Interactions by Correlation Analysis.", The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB’08), Lijiang, China, 1st Nov. 2008.
  • Zhi-Yong Zhang, Horimoto, K., Zengrong Liu.; "Time Series Segmentation for Gene Regulatory Process with Time-Window-Extension Technique.", The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB’08), Lijiang, China, 1st Nov. 2008.
  • 広川 貴次; "インシリコ解析とウェット系との連携について", JBIC2008プロジェクト研究成果報告会, 東京, 2008年10月31日.
  • 広川 貴次; "ケミカルバイオロジープロジェクトにおけるインシリコ解析の役割", 産総研オープンラボ2008, 産総研つくばセンター, 2008年10月21日.
  • Hirokawa, T.; "Protein structure-based virtual screening using concavity shape fingerprints", Asia Hub for e-Drug Discovery 2008, Tokyo, 16th Oct. 2008.
  • Gromiha. MM.; "Discrimination of GO term Annotated Proteins based on Amino Acid Occurrence and Composition", International conference on Pattern Recognition in Bioinformatics Melbourne, Australia, 16th Oct. 2008.
  • Gromiha. MM.; "Sequence based Prediction of Protein Mutant Stability and Discrimination of Thermophilic Proteins", International conference on PRIB2008 Melbourne, Australia, 15th Oct. 2008.
  • Paul Horton; "Mitochondrial β-Barrel Proteins, an Exclusive Club?", Medical Bioinformatics Seminar, Seattle, WA, USA, 13rd Oct. 2008.
  • 広川 貴次; "ケミカルバイオロジープロジェクトにおけるインシリコ解析", 第6回バイオメディカル研究会, 大阪大学中之島センター, 2008年10月8日.
  • 広川 貴次; "タンパク質立体構造に基づく化合物探索の理論的アプローチ", 第27回Combinatorial Chemistry研究会, 東京工業大学, 2008年9月25日.
  • Tsuda, K.; "New Directions in Statistical Graph Mining", Third International Workshop on Data Mining and Statistical Science, Tokyo, Japan, 25th Sep. 2008.
  • Tsuda, K.; "Machine Learning with Quantum Relative Entropy", International Workshop on Statistical-Mechanical Informatics 2008 (IW-SMI 2008), Sendai, Japan, 18th Sep. 2008.
  • 千葉 啓和; "FPGAを用いた高速プライマー配列探索システムの開発", 情報処理学会 バイオ情報学研究会, 北海道, 2008年9月18日.
  • 千葉 啓和, 中川 草, 谷口 丈晃, 藤渕 航: "FPGAを用いた高速プライマー配列探索システムの開発", 第14回バイオ情報学研究会, 北海道大学, 2008年9月18日.
  • 大里 直樹, Frith Martin: "脊椎動物ゲノムのタンパク質非コード領域からのDNAモチーフ配列の探索", 日本遺伝学会年会, 名古屋大学, 2008年9月4日.
  • Gromiha, M.M.: "Stability and specificity of proteins and their interactions", Special seminar, Bharathidasan University, India, 2008年9月1日.
  • Gromiha, M.M.: "Protein interactions: Database development, analysis, discrimination and prediction", Special seminar, Delhi, India, 2008年8月26日.
  • Saigo, H., Kramer, N., Tsuda, K.; "Partial Least Squares Regression for Graph Mining", 14th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Las Vegas, USA, 24th Aug. 2008.
  • Naoki Osato, Frith Martin: "Overrepresented DNA motifs in highly conserved non-protein-coding regions of vertebrate genomes", JST-BIRD meeting, Tokyo, 21st Aug. 2008.
  • Martin Frith; "How large are the genomic targets of transcriptional regulation?", BIRD Seminar, Nagano, 20th Aug. 2008.
  • Horimoto, K.; "Network Inference and Evaluation Based on Graphical Models", “Seminar on Computational Systems Biology”, Institute of Systems Biology, Shanghai, 13th Aug. 2008.
  • 広川 貴次; "In silico analysis in chemical biology project", 日本ヒトプロテオーム機構　第6回大会, 大阪大学中之島センター, 2008年7月29日.
  • Ikeda, J., Ohno, K., Akioka, S., Orita, M., Muraoka, Y., Noguchi, T., Sekijima, M.; "Large Scale Computing for Protein - Protein Binding Free Energy Calculation", The 2008 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications, Las Vegas, Nevada, USA, 14th Jul. 2008.
  • 広川 貴次; "タンパク質構造に基づくインシリコスクリーニング", 第7回国際バイオEXPO, 東京, 2008年7月3日.
  • 亀田 倫史; "アミロイド病を創薬ターゲットとした計算機シミュレーション", 第7回国際バイオEXPO, 東京, 2008年7月3日.
  • 福井 一彦: "HPCによる高速タンパク質相互作用解析装置", 国際バイオEXPO2008, 東京, 2008年7月2日.
  • 廣瀬 修一; "アミノ酸配列情報を利用した揺らぎ領域の予測", 第27回タンパク質・核酸構造理論勉強会, 愛知, 2008年7月1日.
  • Imai, K., M. Gromiha, MM., Horton, P.; "Mitochondrial β-barrel Outer Membrane Proteins, All Accounted For?", ISMB, Stockholm, Sweden, 29th Jun. 2008.
  • 浜田 道昭 , 光山 統泰, 佐藤 健吾, 木立 尚孝, 浅井 潔; "Predictions of RNA secondary structure by combining homologous sequence information", 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 8th European Conference on Computational Biology (ECCB) Stockholm, Sweden, 29th Jun. 2008.
  • 藤渕 航: "網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発", 特定領域研究ライフサーベイヤ, 大阪, 2008年6月27日
  • Sekijima, M., Tokunaga, S., Muraoka, Y., Noguchi, T.; "Development of state transition probability analysis system based on largescale molecular dynamics simulation", The 17th IASTED International Conference on Applied Simulation and Modelling, Corfu, Greece, 23th Jun. 2008.
  • 亀田 倫史; "新レプリカ交換法REST による、蛋白質変性構造アンサンブルの解明", 第8回日本蛋白質科学会年会, 東京, 2008年6月11日.
  • 諏訪 牧子; "ゲノムから見るGPCR構造の多様性と共通性", 蛋白質科学会, 東京, 2008年6月10日.
  • 広川 貴次; "創薬に向けたGPCRモデリング", 第8回日本蛋白質科学会年会, 東京, 2008年6月10日.
  • Taguchi, M.　Gromiha, MM: "Gene Ontology term prediction based upon amino acid occurrence", WCCI2008, Hong Kong, 3rd Jun. 2008.
  • Gromiha, M.M., Ahmad, S., Suwa, M.: "Neural Network based Prediction of Protein Structure and Function: Comparison with Other Machine Learning Methods, IEEE World congress on computational intelligence, Hong Kong, 3rd Jun. 2008.
  • Martin Frith; "The organization of transcription initiation in mammalian genomes", IRTG Lecture and Seminar, Berlin, 9th May 2008.
  • Tsuda, K., Kurihara, K.; "Graph mining with variational Dirichlet process mixture models", SIAM Data Mining Conference, Atlanta, USA, 24th Apr. 2008.
  • Fukuda, K.: "The INOH Pathway Database", Workshop on Ontologies of Cellular Networks, Newark, USA, 28th Mar., 2008.
  • Naoki Osato: "Searches for human DNA motif sequences through the comparative analyses of vertebrate genomes", JST-BIRD meeting, Tokyo, 18th Mar., 2008.
  • Paul Horton; "Protein Localization Prediction and Genomic Sequence Similarity Search", IBMS Seminar, Taipei, Taiwan, 13 March 2008.
  • 大里 直樹: "アンチセンスmRNAとDNAモチーフ配列のゲノム配列からの探索 Searches for cis sense-antisense mRNAs and DNA motif sequences from vertebrate genomes", ゲノム非タンパク質コード領域の進化, 静岡, 2008年3月12日.
  • 野口 保, 廣瀬 修一, 清水 佳奈, 金井 理: "機械学習法を用いたタンパク質ディスオーダー領域予測", 第37回人工知能学会分子生物情報研究会（SIG-MBI）, 石川県, 北陸先端科学技術大学院大学, 2008年3月7日.
  • Fukuda, K.: "INOH pathway database: Curation, Annotation, Integration", InterOntology08, Tokyo, Japan, 26th Feb., 2008.
  • Fukuda, K.: "INOH Pathway Event Ontology", the 16th International Plant and Animal Genome Conference, California, USA, 14th Jan., 2008.
  • 吉川 達也, 塚本 弘毅, 蓬来 祐一郎, 福井 一彦; "タンパク質間の形状相補性に関する統計量を用いた親和性予測法の高精度化", 愛媛, 2008年1月10日.
  • Michael Gromiha: "Influence of neighboring and contacting residues for understanding protein folding and stability", International conference on Macromolecular structure and function, Chennai, India, 8th Jan., 2008.
page top