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  • 論文（ポスター発表：2004年）

論　文（ポスター発表：2004年）

  • 広川 貴次, 秋山 泰: "CoLBA：相互作用比較を考慮したリガンド結合予測法の開発", 第42回 日本生物物理学会年会, 京都, 2004年12月15日.
  • 富井 健太郎: "プロファイル構築法のタンパク質構造認識およびアラインメント精度に及ぼす影響", 第42回 日本生物物理学会年会, 京都, 2004年12月15日.
  • A. Bava, Michael Gromiha, Hatsuho Uedaira, Kouji Kitajima, Akinori Sarai: "Latest developments in ProTherm: Thermodynamic database for proteins and mutants". 第42回 日本生物物理学会年会, 京都, 2004年12月15日.
  • Shaji Kumar, Michael Gromiha, P. Prabakaran, Hatsuho Uedaira, Kouji Kitajima: "Latest developments in ProNIT: Thermodynamic database for protein-nucleic acid interactions", 第42回 日本生物物理学会年会, 京都, 2004年12月15日.
  • Nagano, N.: "A novel classification of enzyme catalytic reactions", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Park, K.J., Horton, P.: "Construction of Subcellular Locations prediction tool for Three Kingdoms: Fungi, Animal and Plant", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Asanuma, T., Kushida, T., Yamamoto, S., Yamagata, Y., Sekiguchi, A., Takagi, T., Fukuda, K.I.: "INOH: A Pathway Database of Biological Events", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Kato, T., Tsuda, K., Asai, K.: "Selective Integration of Multiple Genomic Data for Biological Network Inference", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
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  • Horton, P., Park, K.J.: "WoLF PSORT: Protein Localization Prediction Program", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Tominaga, D.: "Analysis for time-course profiles of transcription arrays", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Noguchi, T.: "Detection of conformational changes in the membrane proteins by using PDB-REPRDB", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Ahmad, S., Gromiha, M.M., Sarai, A.: "Predictive annotation of DNA binding residues and proteins based on sequence and structure information", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Gromiha, M.M., Ahmad, S. Suwa, M.,: "Sequence and Structural Analysis of Outer Membrane Proteins: Applications to Discrimination and Prediction", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • Nagasaki, H., Arita, M., Nishizawa, T., Suwa, M., Gotoh, O.: "Development of ASTRA: database of human alternative splicing patterns", GIW 2004 (The 15th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 13th Dec., 2004.
  • 長崎 英樹, 有田 正規, 西澤 達也, 諏訪 牧子, 後藤 修: "ヒト遺伝子オルタナティブスプライシングパターンデータベースASTRAの開発", 第27回日本分子生物学会年会, 神戸, 2004年12月9日.
  • 山本 智子, 櫛田 達矢, 浅沼 孝夫, 山縣 友紀, 関口 あづみ, 高木 利久, 福田 賢一郎: "INOH: 生物学的事象を中心としたパスウェイデータベース", 第27回日本分子生物学会年会, 神戸, 2004年12月9日.
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  • Nagasaki, H., Arita, M., Nishizawa, T., Suwa, M., Gotoh, O.: "Detection of the Splicing Sites with Kernel Method Approaches Dealing with Nucleotide Doublets", Alternate Transcript Diversity Symposium, European Bioinformatics Institute, Hinxton, Cambridgeshire, UK, 22nd Nov., 2004.
  • Fujibuchi, W., Horton, P.: "Reality for Finding Homologous gene expression profiles", BITS2004 "Beyond the Identification of Transcribed Sequences: Functional, Expression and Evolutionary Analysis" 14th International Workshop, Kisaradu, Chiba, 30th Oct., 2004.
  • Gromiha, M.M., Siebers, J., Selvaraj, S., Kono, H., Sarai, A.: "Role of Inter and intramolecular interactions in protein-DNA recognition", BITS2004 "Beyond the Identification of Transcribed Sequences: Functional, Expression and Evolutionary Analysis" 14th International Workshop, Kisaradu, Chiba, 29th Oct., 2004.
  • Horton, P., Park, K.J.: "WoLF PSORT Protein Localization Prediction Tool", BITS2004 "Beyond the Identification of Transcribed Sequences: Functional, Expression and Evolutionary Analysis" 14th International Workshop, Kisaradu, Chiba, 29th Oct., 2004.
  • Tominaga, D.: "Analysis system for gene expression time-series data", BITS2004 "Beyond the Identification of Transcribed Sequences: Functional, Expression and Evolutionary Analysis" 14th International Workshop, Kisaradu, Chiba, 29th Oct., 2004.
  • Kushida, T., Yamamoto, S., Asanuma, T., Sekiguchi, A., Takagi, T., Fukuda, K.I.: "Research on Cellular Pathways Peculiar to Trees in the Pathway Database", 12th New Phytologist Symposium, Gatlinburg, TN, USA, 10th Oct., 2004.
  • 富永 大介: "遺伝子発現の時系列データのための解析法の開発". 第3回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「未来を拓く バイオインフォマティクス」, 東京, 2004年10月1日.
  • Michael Gromiha: "Discrimination of outer membrane proteins from amino acid composition", 第3回 産総研 生命情報科学人材養成コースシンポジウム「未来を拓く バイオインフォマティクス」, 東京, 2004年10月1日.
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  • 野口 保: "PDB代表タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)による膜タンパク質構造変化部位の抽出", 第3回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「未来を拓く バイオインフォマティクス」, 東京, 2004年10月1日.
  • 富井 健太郎: "CBRCにおけるCASP6への取り組み", 第3回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「未来を拓く バイオインフォマティクス」, 東京, 2004年10月1日.
  • 本野 千恵: "超好熱菌・好熱菌・常温菌由来相同タンパク質の分子動力学計算−耐熱化機構の探索−", 第3回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「未来を拓く バイオインフォマティクス」, 東京, 2004年10月1日.
  • Tominaga, D.: "Analysis System for Gene Expression Time-series Data", International Conference on Molecular Systems Biology (ICMSB'04), Tahoe City, California, USA, 21st Aug., 2004.
  • Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., Akiyama, Y.: "Structural Changes in flexible region of the Prion Protein induced by P102L Substitution: Investigation through Molecular Dynamics Simulations", 18th Annual Symposium of the The Protein Society, San Diego, CA, USA, 17th Aug., 2004.
  • 野口 保: "Detection of conformational changes in the membrane proteins by using a database of representative protein chains from the PDB (PDB-REPRDB)", 科学研究費補助金特定領域研究「膜インタフェイス」第２回公開シンポジウム, 大阪府吹田市, 2004年8月4日.
  • Nagano, N.: "Visualization Presentation of 3-dimensional catalytic-mechanism models:The case of alpha-amylase", ISMB/ECCB 2004, Glasgow, Scotland, 1st Aug., 2004.
  • Fujibuchi, W.: "Microarray analysis on many genes determine a cell type", ISMB/ECCB 2004, Glasgow, Scotland, 1st Aug., 2004.
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  • Fukuda, K.I.: "INOH: A Pathway Database of Biological Events ", ISMB/ECCB 2004, Glasgow, Scotland, 1st Aug., 2004.
  • Tominaga, D.: "Network Analysis and Data Processing System for Gene Expression Time-series Data", ISMB/ECCB 2004, Glasgow, Scotland, 31st July, 2004.
  • Gromiha, M.M., Pujadas, G., Magyer, C., Selvaraj, S., Simon, I.: "Identifying the Stabilizing Residues in (a/b)8 Barrel Proteins Based on Hydrophobicity, Long-range Interactions and Sequence Conservation", ISMB/ECCB 2004, Glasgow, Scotland, 31st July, 2004.
  • Sarai, A., Gromiha, M.M., Ahmad, S., Kono, H.: "Developing Genome-Scale Prediction System for Transcription Factors and Their Targets", ISMB/ECCB 2004, Glasgow, Scotland, 31st July, 2004.
  • Michael Gromiha, G. Pujadas, C. Magyar, S. Selvaraj, I. Simon: "A Consensus Approach for Identifying the Stabilizing Residues in (alpha/beta)8 Barrel Proteins", CBI学会第5回大会（2004年大会）, 東京, 2004年7月28日.
  • Sarai, A., Gromiha, M.M., Ahmad, S., Kono, H.: "Methods for predicting transcription factors and their targets", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, 18th Apr., 2004.
  • Kumar, S., Gromiha, M.M., Prabakaran, P., Uedaira, H., Kitajima, K., Sarai, A.: "Thermodynamic database for protein-nucleic acid interactions: new developments", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, 18th Apr., 2004.
  • Motono, C., Suwa, M.: "Molecular Dynamics Study of a Hyperthermophilic, a Thermophilic, and Mesophilic Cold Shock Proteins", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, 16th Apr., 2004.
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  • Bava, A., Gromiha, M.M., Uedaira, H., Kitajima, K., Sarai, A.: "ProTherm: Thermodynamic database for proteins and mutants", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, 15th Apr., 2004.
  • Gromiha, M.M., Selvaraj, S.: "Folding and Stability of Proteins: Structural Analysis Based on Inter-residue Contacts", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, 15th Apr., 2004.
  • Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., Akiyama, Y.: "Molecular Dynamics Simulation of Wild-Type and Mutant Human Prion Protein: Effect of Pro102Leu", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, 15th Apr., 2004.
  • Tomii, K.: "Effects of using highly diverged sequences in profile-profile comparisons", 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004), Yokohama, 15th Apr., 2004.
  • Gromiha, M.M., Ahmad, S., Suwa, M.: "Web-based Prediction of Membrane Spanning b-strands in Outer Membrane Proteins", The 8th annual international conference on research in computational molecular biology (RECOMB 2004), San Diego, CA, USA, 30th Mar., 2004.
  • Horton, P., Fujibuchi, W.: "Exact Algorithms for Matrix Based Motif Extraction", The 8th annual international conference on research in computational molecular biology (RECOMB 2004), San Diego, CA, USA, 28th Mar., 2004.
  • Park, K.J.: "PLOC: Analysis of features for protein's subcellular localization prediction", The 8th annual international conference on research in computational molecular biology (RECOMB 2004), San Diego, CA, USA, 28th Mar., 2004.
  • Tsuda, K., Nobles, W.: "Learning kernels from biological networks by maximizing entropy", The 8th annual international conference on research in computational molecular biology (RECOMB 2004), San Diego, CA, USA, 28th Mar., 2004.
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  • Hirokawa, T., Suwa, M., Akiyama, Y.: "Database analysis of a reentrant loop segment in membrane proteins", Accelrys World 2004, San Diego, CA, USA, 8th Mar., 2004.
  • 広川 貴次, 三島 涼子, 福井 裕行: "ヒスタミンH1拮抗薬のinverse agonist作用", 第77回日本薬理学会年会, 大阪, 2003年3月8日.
  • 本野 千恵: "常温菌・好熱菌・超好熱菌由来タンパク質ファミリーの分子動力学計算によるダイナミクスの比較", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 池田 和由, 富井 健太郎: "タンパク質セグメントが造る構造空間の解析", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 富永 大介: "遺伝子ネットワークの数理モデルのための自動構造推定アルゴリズムの開発", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 旭井 亮一, 西村 信一郎, 相田 拓洋, 高橋 勝利: "カスタムDNAマイクロアレイを用いたアプタマーの探索法", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 広川 貴次: "受容体/リガンド結合予測のためのサンプリング手法の開発", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 富井 健太郎: "FORTE1の好熱菌ゲノム解析への応用", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
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  • 藤渕 航, Paul Horton: "遺伝子発現プロファイルからの近縁細胞種検索システム Cell Montage の開発", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 野口 保: "PDB代表タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)によるタンパク質構造変化部位の抽出", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 長野 希美: "配列・立体構造・機能に基づくTIMバレル・フォールドの解析", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 向井 有理, 広川 貴次, 富井 健太郎, 浅井 潔, 秋山 泰, 諏訪 牧子: "ゴルジ膜局在タンパク質の膜貫通領域予測 -糖転移酵素遺伝子 網羅的発見に向けて-", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月24日.
  • 矢葺 幸光, 向井 有理, 諏訪 牧子: "GENIUS II: ゲノムに対するタンパク質の立体構造帰属データベースシステム", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月24日.
  • 村上 恵, 野口 保: "タンパク質代表チェイン決定システム（PDB-REPRDB)", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
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