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  • 論文（ポスター発表：2007年）

論　文（ポスター発表：2007年）

  • Motono C., Hirokawa T., Sato M., Fujiwara Y., Misoo K., Sakaya N., Tomii K., Akiyama Y.: "An exhaustive modeling and evaluation system in protein 3D structure prediction pipeline FORTE-SUITE", 45th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Yokohama, 21th Dec., 2007.
  • Hirose S., Yokota Ki., Kuroda Y., Wako H., Kanai S., Noguchi T.: "Prediction of protein structural flexibility from an amino acid sequence", 45th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Yokohama, 20th Dec., 2007.
  • 長野 希美,中川 善一: "酵素触媒機構データベース：EzCatDB　−加水分解反応、転移反応機構の系統的な比較について", CBRC2007, 東京, 2007年12月20日.
  • Martin, F., Horton, P.: "Similarity search for genome-size sequence data with biased composition", CBRC 2007, Tokyo, Japan, 20th Dec., 2007.
  • 大里 直樹, 鈴木 善幸, 池尾一穂, 五條堀孝: "ヒト及びマウスのOverlapping transcriptsの発現制御における役割", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日.
  • 本野 千恵, Gromiha, M.M., Kumar C.: "立体構造・分子ダイナミクスに基づく超好熱菌由来タンパク質の安定性要因解析", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日.
  • 蓬来 祐一郎: "タンパク質-タンパク質ドッキングプログラムZDOCKの高速化", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日.
  • Michael Gromiha: "Novel method for detecting beta-barrel Membrane Proteins in genomic sequences", CBRC2007, Tokyo, Japan, 19th Dec., 2007.
  • 清水　佳奈: "ヒトのタンパク質におけるディスオーダー予測", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日.
  • 藤渕 航, 岡田 吉史, ポール・ホートン: "遺伝子サブセットによる細胞の機能類似性検索法", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日.
  • 塚本 弘毅, 清水 英明, 石田 貴士, 秋山 泰, 貫名 信行, 福井 一彦; "Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日.
  • 鈴木 宏明, 山垣 亮, 橘 和夫, 福井 一彦; "量子化学計算によるルイス型糖鎖断片化反応機構の解析", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日.
  • Tsukamoto, K., Yoshikawa, T., Hourai, Y., Fukui, K., Akiyama, Y.; "Development of Affinity Prediction System Using Protein-Protein Docking", Japanese Society for Bioinformatics, 東京, 2007年12月18日.
  • Nagano N., Nakagawa Z.: "Systematic Analysis of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database", JSBi2007, Tokyo, 18th Dec., 20007.
  • 岡田 吉史, Horton Paul, 藤渕 航: "SAMURAI: 遺伝子発現モジュールマイニング", CBRC2007, 東京, 2007年12月18日.
  • Okada, Y., Horton P.,, Fujibuchi, W.: "SAMURAI: a tool for gene expression module mining", JSBi2007, Tokyo, Japan, 18th Dec., 2007.
  • 塚本 弘毅, 清水 英明, 石田 貴士, 秋山 泰, 貫名 信行; "Aggregation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations", 日本バイオインフォマティックス学会, 東京, 2007年12月17日.
  • Motono C., Gromiha, M.M., Kumar C.: "A Structural and Dynamic Analysis of Hyperthermophilic Cold Shock Protein Stability", JSBi2007, Tokyo, 17th Dec., 2007.
  • Hirose S., Yokota Ki., Kuroda Y., Wako H., Kanai S., Noguchi T.: "Analysis of internal and external motion on protein structure", JSBi2007, Tokyo, 17th Dec., 2007.
  • Hourai Y.,: "Upgrade of 3D-Convolution Library CONV3D for Faster Docking", JSBi2007, Tokyo, Japan, 17th Dec., 2007.
  • Fukuda K., Yamamoto S., Sakai N., Nakamura H., Takagi T.: "INOH Pathway Data and Ontologies", JSBi2007, Tokyo, Japan, 17th Dec., 2007.
  • Gromiha, M.M., Motono, C., Sandeep Kumar.: "A structural and dynamic analysis of hyperthermophilic cold shock protein stability", JSBi2007, Tokyo, Japan, 17th Dec., 2007.
  • Michael Gromiha: "Prediction of protein stability upon point mutation", JSBi2007, Tokyo, Japan, 17th Dec., 2007.
  • 福田 賢一郎, 山本 智子,　酒井 紀子, 中村 浩実,　高木 利久: "INOH パスウェイデータベースとBio PAXによる標準化", 第30回日本分子生物学会年会, 横浜, 2007年12月11日.
  • Ohsato, N., Suzuki, Y., Ikeo, K., Goshoubori, T.: "Expression of human cis natural antisense transcripts affected by their overlapping arrangements in the genome", 21st International Mammalian Genome Conference, Kyoto, 30th Oct., 2007.
  • 関嶋 政和, 本田 真也, 野口 保: "超並列計算機を用いた生体分子解析─疾病関連蛋白質解析と世界最小蛋白質設計への応用─", 次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007, 埼玉, 2007年10月30日.
  • Nowozin, S., Bakir, G., Tsuda, K.; "Discriminative Subsequence Mining for Action Classification", Eleventh IEEE International Conference on Computer Vision, Rio de Janeiro, Brasil, 14th Oct. 2007.
  • Okada, Y., Fujibuchi, W.: "SAMURAI: a biclustering software for module discovery in gene expression data", International Symposium on Advanced Functional Genomics, Chiba, Japan, 11th oct., 2007.
  • Sekijima, M., Motono, C., Akiyama, Y., Noguchi, T.: "Free Energy Landscape Analysis of Prion Protein", Prion 2007, Edinburgh,Scotland,UK, 26th Sep., 2007.
  • Fujibuchi, W.: "Computer Design of Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNA", The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis, Tokyo, 7th Sep., 2007.
  • Shimizu, K., Hirose, S., Noguchi, T.: "POODLE-W: Predicting disordered proteins by using spectral graph transducer", 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Vienna, 23nd Jul., 2007.
  • Demir, E., Fukuda, K., Takagi, T., Sande, C.: "Paxtools: A software library for accessing and analyzing biological pathway information", 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Vienna, 23th Jul., 2007.
  • Fukuda, K..: "INOH pathway database and BioPAX export", 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Vienna, 23th Jul., 2007.
  • Kin, T., Yamada, K., Terai, G., Okita, H., Yoshinari, Y., Ono, K., Kojima, A., Komori, T., Asai, K.: "fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences", 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Vienna, 22nd Jul., 2007.
  • Sato, K., Asai, K., Sakakibara, Y.; "Profile-Profile Stem Kernels for Structural RNA Analysis", The 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 6th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2007), Vienna, Austria, 22th Jul. 2007.
  • 田部井 靖生, 木立 尚孝, 金 大真, 浅井 潔; "ステム比較によるＲＮＡのマルチプルアラインメント", 特定領域研究ゲノム４領域合同班会議, 神戸, 2007年6月26日.
  • Nowozin, S., Bakir, G., Tsuda, K.; "Weighted Substructure Mining for Image Analysis", 2007 IEEE Computer Society Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, Minneapolis, USA, 18th Jun. 2007.
  • 清水 佳奈、廣瀬 修一、野口 保: "POODLE-S,W：タンパク質のディスオーダー予測のためのwebアプリケーション", 第7会蛋白質科学会年会, 仙台, 2007年5月26日.
  • 関嶋 政和, 本野 千恵, 秋山 泰, 野口 保: "プリオンタンパク質の自由エネルギー地形解析", 第7会蛋白質科学会年会, 仙台, 2007年5月26日.
  • 富井 健太郎: "水溶性球状タンパク質中の残基環境の統計解析", 第7回日本蛋白質科学会年会, 仙台, 2007年5月26日.
  • Hourai Y.: "{Performance Evaluation of CONV3D with nVidia CUDA", SACSIS2007, Tokyo, Japan, 24th May 2007.
  • Ide, T., Tsuda, K.; "Change-Point Detection using Krylov Subspace Learning", SIAM Conference on Data Mining, Minneapolis, USA, 26th Apr. 2007.
  • Tomii, K.: "Statistical Features of the Residue Environment in Proteins", RECOMB 2007, Oakland, USA, 22nd Apr., 2007.
  • Horton, P.: "SHOE: A Promoter Analysis Tool", RECOMB 2007, Oakland, USA, 22nd Apr., 2007.
  • Sekijima, M., Motono, C., Akiyama, Y., Noguchi, T.: "Free Energy Landscape Analysis of Prion Protein", 51st Biophysical Society Annual Meeting, Baltimore, USA, 5th Mar., 2007.
  • 富井 健太郎, 太田 元規: "タンパク質立体構造予測における構造評価手法の改良", 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2007年2月1日.
  • 本野 千恵, 藤原 康弘, 佐藤 美和, 酒谷 尚史, 富井 健太郎, 広川 貴次, 秋山 泰: "タンパク質立体構造予測における網羅的モデリング・構造評価システムの並列化", 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2007年2月1日.
  • 福井 一彦: "シミュレーションによる糖鎖構造の断片化解析", 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2007年2月1日.
  • 藤渕 航, 岡田 吉史, ポール・ホートン: "ヒト細胞の構造と機能解析", 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2007年2月1日.
  • 関嶋 政和, 本田 真也, 本野 千恵, 秋山 泰, 野口 保: "大規模分子動力学シミュレーションによる生体分子の自由エネルギー地形解析", 平成18年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2007年2月1日.
  • 秋山 泰, 堀本 勝久, 富永 大介, 油谷 幸代, 中川 康二, 孫 富艶: "トランスフェクション・マイクロアレイによる生細胞観察のための大規模全自動画像処理システムの開発", 平成17年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2007年2月1日.
  • Polouliakh Natalia, 原田 肇, 藤渕 航, Paul Horton: "比較ゲノム法によるプロモータ解析ツール：SHOE", 平成17年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2007年2月1日.